Sau khi ra đầu hàng, Khun Sa sống tại một biệt thự sang trọng ở thủ đô Yangon, tổ chức một công ty vận tải và một công ty khai mỏ đá rubi cùng nhiều nghề kinh doanh khác.

Tuy nhiên càng về sau này, Khun Sa càng ốm yếu, bệnh tật. Theo La Tinh Hán, Khun Sa đã mắc chứng nghẽn mạch máu, liệt nửa người. Ông đã đi Côn Minh mời một nữ bác sĩ họ Lý về khám chữa bệnh cho Khun Sa. Vị bác sĩ này là chuyên gia về tim mạch đã khuyên ông ta nên điều độ trong sinh hoạt. Nhưng Khun Sa không nghe lời nên việc điều trị không có kết quả.

Ngày 26 tháng 10 năm 2007 Khun Sa qua đời tại nhà riêng ở Yangon vì các chứng liệt nửa người, bệnh đái đường và cao huyết áp.